被突如奇来的宇宙侵略者S．E侵占地表以来，已经过了一百年，现在是新西历302年。人类仍然不知道侵略者的真正面目，少数人潜入海底深处的AQUABASE中苟延残喘活下来。

　　オリジナルSFアニメ『ストラトス・フォー』の続編。前作で見事に下地島基地を救った美風たちは、千鶴とアネットの推薦を受けコメットブラスターの昇進試験に向かう。そして、空や翼、岩崎らも異動で下地島基地