2006年版电视动画《魔法老师！？》改编自日本漫画家赤松健原作的漫画《魔法老师！》，由SHAFT和GANSIS共同制作。该版本在2006年10月4日至2007年3月28日期间在东京电视台播出，总共26集。2006年新版TV动画的故事内容可以说是独立于漫画版及2005年版本的，除了涅吉被梅尔帝亚纳魔法学校派往麻帆良学园实习的一段之外，其余的都和漫画版及2005年版本有很大情度的分别，在人物关系方面和学校方面都对当初的设定进行了不小的更改。在英国某间魔法学校修行的首席毕业生涅吉，目前还只是个10岁的少年。他的目标是成为“出色的魔法使”。魔法学校给涅吉指定的结业课题是“去日本普通学校当老师”！于是，涅吉在祖父的朋友的帮助下进入了麻帆良学圆，担任起有着31名女生的中等部2年A组的老师。按照魔法使世界的传说，在魔法使的身边都会有一个保护着他的勇敢战士存在。这种帮助魔法使的伙伴被称为“魔法使的从者”。由于涅吉还只是个孩子，所以年幼的他尚未签订这种契约。但在进入麻帆良学圆后，涅吉还是意外的通过KISS的方式与一位名叫神乐坂明日菜的女生定下了契约。从现在开始，一声妙趣横生的大骚乱似乎即将展开。